La Oficina del Inspector General es responsable de ejercer las funciones de auditoría financiera, administrativa y operativa con el objeto de determinar el grado de cumplimiento por parte de la Secretaría General, de los objetivos de los diversos programas y la eficiencia y economía con que se utilizan los recursos, y formular las recomendaciones para mejorar la gestión de la Secretaría General.

Para cumplir lo anterior, el Inspector General establece los procedimientos adecuados de auditoría interna, que reflejen las mejores prácticas internacionales, para verificar el cumplimiento de las normas vigentes, mediante el examen crítico, sistemático e imparcial de transacciones oficiales y procedimientos operativos relacionados con los recursos que administra la Secretaría General.

El Inspector General cuenta con la independencia necesaria para informar al Consejo Permanente sobre la eficacia general de las funciones de la Oficina del Inspector General.

El mandato de la Oficina del Inspector General se encuentra en el Capítulo VIII (Control y Evaluación del Manejo Financiero y Presupuestario) y Capítulo IX de las Normas Generales para el Funcionamiento de la Secretaría General; y la Orden Ejecutiva No. 95-05, del 8 de mayo de 1995. Las recomendaciones que presenta el Inspector General en sus informes de auditoría, inspecciones e investigaciones tienen carácter obligatorio para los funcionarios de la Secretaría General luego de ser aprobadas por el Secretario General.